Il complesso carsico ipogeo Villasmundo - S.Alfio del Torrente Cugno di Rio si sviluppa nell'ambito di una struttura a graben (basso strutturale), limitata a SE da un'importante lineazione tettonica mostrante rigetto verticale di oltre un centinaio di metri (faglia di Poggio Manchitta).
La grotta Villasmundo si apre, con il suo piccolo ingresso, alla base di una parete della destra orografica del torrente Cugno di Rio e si sviluppa per un totale di oltre 2 Km con un complesso sistema di morfotipi freatici (cioè originatisi in condizione di acqua in pressione) e vadosi (cioè con scorrimento di acqua libera), in parte attivi e in parte inattivi. Abbondantissime e di particolare bellezza le concrezioni calcitiche che ricoprono le pareti.
Dal punto di vista idrogeologico, questa è l'unica grotta attiva dei Monti Iblei e risulta articolata in 4 elementi fondamentali: il corso d'acqua principale (a prevalente sviluppo freatico, con portate dell'ordine di 30 l/sec), l'affluente (a regime idrico molto variabile, con portate comprese fra i pochi litri al minuto e i 50 l/sec), il torrente del ramo dell'ingresso (a carattere temporaneo e direttamente collegato al Torrente Cugno di Rio) e il lago terminale (con una superficie di circa 450 mq ed una profondità massima di 56 m).
L'ingresso della grotta Alfio, posto circa 60 m più a valle del precedente, immette in un sistema ipogeo ben più piccolo del precedente, con uno sviluppo complessivo di oltre 400 m.