La messa in posto dei prodotti etnei più antichi, che costituiscono oggi l'Isola Lachea ed i Faraglioni dei Ciclopi, miticamente interpretati come i massi lanciati da Polifemo contro la nave di Ulisse-Nessuno, e la Rupe di Aci Castello, risale a circa 500.000 anni fa, allorché il margine orientale dell'ampio golfo, digradante verso il bacino del Mare Jonio, che allora occupava la parte meridionale dell'area dove ora si estende l'Etna fu interessato da un'intensa attività eruttiva in ambiente sottomarino.
Successivamente si verificò un sollevamento, tuttora in atto, di tutta l'area che determinò l'emersione delle argille pleistoceniche, oggi sollevate fino a 300 m s.l.m. nella zona a monte di Aci Castello - Aci Trezza, e si ebbe lo spostamento dei centri di alimentazione delle manifestazioni eruttive che divennero subaeree e coprirono con i loro prodotti gran parte delle precedenti colate sottomarine, dando origine alla graduale costruzione del massiccio vulcanico etneo, quale oggi lo vediamo. 
Resti delle vulcaniti dovute alle eruzioni sottomarine, in prossimità del bordo dell’ampio golfo preetneo, si rinvengono oggi soltanto nella zona di Aci Castello, Aci Trezza e Ficarazzi ove sono rappresentate da affioramenti di lave a cuscini (pillows), brecce ialoclastitiche (vetro rotto) e masse magmatiche intruse sotto una sottile copertura di sedimenti.
Queste antiche manifestazioni eruttive sono contemporanee alla sedimentazione dei livelli più recenti di argille marnose del Pleistocene medio, oggi affioranti estesamente a sud dell'edificio etneo e lungo la costa ionica, che costituiscono il substrato sedimentario del vulcano.
Nell'Isola Lachea e nei Faraglioni dei Ciclopi sono esposti magnifici esempi di queste manifestazioni eruttive i cui prodotti risultano intercalati alla successione argillosa. Queste masse eruttive sono state interpretate come intrusioni sotto una sottile copertura di sedimenti e si accompagnano in minor misura a materiali effusi in ambiente subacqueo. Le prime sono costituite da lave massicce e/o colonnari, affioranti nell'Isola Lachea e nei Faraglioni e nell’immediato entroterra, mentre le seconde sono rappresentate da lave a pillows e ialoclastiti, affioranti nella rupe di Aci Castello, lungo le coste a nord di Aci Trezza e sulla collina a monte di quest'ultima località.

Nell’isola Lachea furono rinvenuti un’ascia litica ed una tomba a grotticella artificiale attestanti la presenza umana fin dalla Preistoria. Lungo la scalinata che si diparte dall’ingresso nord dell’isola, sono presenti due piccole cisterne scavate nella roccia in una delle quali è stato rinvenuto materiale ceramico che testimonia la frequentazione dell’isola in età tardo romana. Sull’isola Lachea si individuano anche i resti di un'antica fortificazione fenicia e di un luogo di culto bizantino. D’altra parte la frequentazione dell’isola Lachea in età bizantina sarebbe attestata anche dalle monete ivi rinvenute. Nel 1803, l'isola Lachea ed i Faraglioni furono dati in enfiteusi, come pietra per pescare, e per sfruttare con l'agricoltura quel poco di terreno che c'era. Nel 1828 l'isola, assieme al territorio di Trezza, entrò a far parte del comune di Aci Castello, ma l‘arcipelago restò di proprietà degli eredi dei detentori della Segrezia acese e, in seguito, alla famiglia Gravina. Il senatore del Regno Luigi Gravina nel 1896, cedette a titolo gratuito il diritto d'uso sopra l'isola e i sette scogli adiacenti per studi scientifici e sperimentali al Rettore dell'Università degli Studi di Catania, Andrea Capparelli. Nacque un piccolo, ma prezioso, museo ittico e si diede possibilità per decenni alla natura di proliferare rigogliosa fra quelle rocce millenarie che divennero sempre più oggetto di ammirazione dei visitatori di ogni parte del mondo. Nel 1993 l’intero arcipelago e la fascia di mare che circonda le isole divenne Riserva Naturale Integrale, la cui gestione è affidata al CUTGANA, Centro dell'Università degli Studi di Catania.